WSUS 3.0を使うためにはサーバをSQL Server 2000から2005にしなきゃいけないので…
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次に既存のユーザー定義ログインが SQL Server 2005 の固定サーバー ロールと重複していないかを注意する必要があります。固定サーバー ロールには、sysadmin、serveradmin、setupadmin、securityadmin、processadmin、dbcreator、diskadmin、bulkadminの 8 つがあります。また、保守と管理用に T-SQL スクリプトで以前のバージョンのカタログ テーブルを参照している場合には、新しいカタログ ビューに変更する必要があります。

といわれても、WSUSのデータ格納用にSQL Serverを使っている人はこんなことわからないんじゃないだろうか…と思ったら、リリースノートがTechnetにあった。翻訳わかりづらいところももあります。問題点がたくさん上げられているので注意しましょう。
Microsoft Windows Server Update Services 3.0 リリース ノート

問題 4 : ターミナル サービスを実行しているサーバーでは WSUS 3.0 はサポートされない
ターミナル サービスを実行しているサーバーで WSUS 3.0 を実行できる場合もありますが、これはサポートされていないので行わないでください。リモート SQL Server を実装する構成でターミナル サービスを実行しているサーバーでは、WSUS 3.0 を実行できません。ターミナル サーバーのライセンス サーバー上でのリモート カスタム操作 (インストールを含む) はすべてシステム アカウントとして実行され、サーバーのシステム アカウントにリモート SQL Server のアクセス許可がない場合があるので、インストールに失敗します。

たぶんリモートデスクトップのことではない…と思う、これがだめといわれたら大変困る。

問題 5 : リモート SQL の制限事項と要件
WSUS 3.0 は、他の WSUS アプリケーションを実行するコンピュータ以外のコンピュータ上では、データベース ソフトウェアの実行をサポートします。

  • バックエンドの SQL サーバー マシンのドメイン コントローラとして構成されているサーバーを使用することはできません。

(略)

ごめん、翻訳わかりません…。原文では

You cannot use a server configured as a domain controller for the back end of the remote SQL pair.

と書かれていてわかりやすい。「WSUS 3.0とSQL Serverが異なる場合、ドメインコントローラとして動いているマシンのSQL Serverをリモート接続で使ってはならない」ということですね。同一マシン上ならOKと。企業とかならともかく、ご家庭*1でDC上に入れてはならないとなると、厳しいです。
WSUS 3.0はSQL Server 2005 SP1以降(Windows Server 2008ではSP2必須)なので、ますますSP2適用済みのSQL Server 2005がほしいなぁ。

*1:ってご家庭でWSUS動かすほうもどうかしてるけど